A FEPESA é uma entidade de direito privado, de caráter cultural, científico e beneficente, sem fins lucrativos, com personalidade jurídica própria. É regida pela Lei Federal nº. 8.958 de 20 de dezembro de 1994 e Decreto 5.205 de 14 de setembro de 2004, e outras legislações pertinentes.

Possui autonomia financeira, administrativa, patrimonial e técnica, inclusive em relação aos seus instituidores, nos termos da Lei e de seu Estatuto. Tem por finalidade promover ações de apoio cultural, desenvolvimento científico, difusão do conhecimento e de cooperação com as atividades de extensão e assistência comunitária.

A fundação tem suas atividades auditadas pela Curadoria de Fundações do Ministério Público de Alagoas, e por auditoria externa independente anualmente. Na relação com os parceiros, opera segundo regulamentos acordados caso a caso, de acordo com contrato de gestão específico sempre garantindo transparência e lisura na sua administração.

Sua diretoria é composta pelo Conselho de Curadores, Conselho Fiscal e Diretoria Executiva.